中央三級機關（分類檢索）

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1. 國防部參謀本部
2. 國防部通信資訊指揮部（已改制）
3. 國防部統一通信指揮部（已改制）
4. 國防部海軍司令部
5. 鐵路改建工程局（已改制）
6. 高速鐵路工程局（已改制）
7. 鐵道局
8. 高速公路局
9. 臺灣區國道新建工程局（已改制）
10. 臺灣區國道高速公路局（已改制）
11. 行政院衛生署環境保護局（已改制）
12. 國家海洋研究院
13. 海洋保育署
14. 海巡署
15. 教育部文化局（已裁撤）
16. 空軍總司令部（已改名）
17. 國防部空軍總司令部（已改名）
18. 國防部空軍司令部
19. 衛生署（[名１、２、３]、已改制）

中央三級獨立機關

1. 飛航安全調查委員會
2. 國家運輸安全調查委員會
3. 不當黨產處理委員會