中央二級機關（分類檢索）

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1. 行政院環境保護署
2. 環境資源部（尚未成立）
3. 行政院海岸巡防署（已改制）
4. 海洋委員會
5. 行政院客家委員會（已改制）
6. 客家委員會
7. 行政院原住民委員會（已改制）
8. 行政院原住民族委員會（已改制）
9. 原住民族委員會
10. 文化建設委員會（已改制）
11. 文化部
12. 行政院金融監督管理委員會（已改名）
13. 金融監督管理委員會
14. 行政院美援運用委員會（已改制）
15. 行政院國際經濟合作發展委員會（已改制）
16. 行政院經濟設計委員會（已改制）
17. 經濟建設委員會（已改制）
18. 行政院研究發展考核委員會（已改制）
19. 國家發展委員會
20. 國家人權委員會
21. 經濟及能源部（尚未成立）
22. 交通及建設部（尚未成立）
23. 國家長期發展科學委員會（已改制）
24. 國家科學委員會（已改制）
25. 科技部
26. 農業部（尚未成立）
27. 勞工委員會（已改制）
28. 勞動部
29. 衛生部（[１、２名]、已改制）
30. 行政院衛生署（[１名]、[２名１、２]、已改制）
31. 衛生福利部

中央二級獨立機關：

1. 促進轉型正義委員會
2. 航空器飛航安全委員會（已改制）
3. 行政院飛航安全委員會（已改制）